Join all the spectra contained in a homogeneous collection, returning a data
frame with spectral-data columns named according to the names of the spectra
in the collection. By default a full join is done within the overlapping range
of wavelengths, after interpolating the spectra to a shared set of wavelength
values, and discarding data for wavelength not shared. Alternatively, filling
the spectral data for wavelengths outside the overlapping range with with
NA when data is not available.
Usage
join_mspct(x, type, ...)
# Default S3 method
join_mspct(x, type = "full", ...)
# S3 method for class 'generic_mspct'
join_mspct(x, type = "full", col.name, validate.names = TRUE, ...)
# S3 method for class 'source_mspct'
join_mspct(x, type = "full", unit.out = "energy", validate.names = TRUE, ...)
# S3 method for class 'response_mspct'
join_mspct(x, type = "full", unit.out = "energy", validate.names = TRUE, ...)
# S3 method for class 'filter_mspct'
join_mspct(
x,
type = "full",
qty.out = "transmittance",
validate.names = TRUE,
...
)
# S3 method for class 'reflector_mspct'
join_mspct(x, type = "full", validate.names = TRUE, ...)
# S3 method for class 'object_mspct'
join_mspct(x, type = "full", qty.out, validate.names = TRUE, ...)
# S3 method for class 'solute_mspct'
join_mspct(x, type = "full", validate.names = TRUE, ...)Arguments
- x
generic_mspct object, or an object of a class derived from
generic_mspct.- type
character Type of join:
"inner"(default) or"full". See details for more information.- ...
ignored (possibly used by derived methods).
- col.name
character, name of the column in the spectra to be preserved, in addition to "w.length".
- validate.names
logical A flag to enable (default) or disable validation of column names with
make.names.- unit.out
character Allowed values
"energy", and"photon", or its alias"quantum".- qty.out
character Allowed values
"transmittance","absorptance", and"absorbance"and in the method forobject_spct, also"reflectance"(.
Value
A data.frame with the spectra joined by, possibly
interpolated, wavelength, with rows sorted by wavelength (variable
w.length) and data columns named according to the names of members
in x, by default made unique and valid.
Methods (by class)
join_mspct(default):join_mspct(generic_mspct):join_mspct(source_mspct):join_mspct(response_mspct):join_mspct(filter_mspct):join_mspct(reflector_mspct):join_mspct(object_mspct):join_mspct(solute_mspct):
Note
Currently only generic_spct, source_mspct,
response_mspct, filter_mspct, reflector_mspct,
object_mspct and solute_mspct classes have this method
implemented.
Examples
my.mspct <- solute_mspct(list(water = water.spct, pha = phenylalanine.spct))
join_mspct(my.mspct, type = "inner")
#> Trimming non-overlapping wavelengths
#> Spectra interpolated and/or trimmed as wavelengths differed.
#> w.length water pha
#> 1 300.0 0.00038200 0
#> 2 300.5 0.00037675 0
#> 3 301.0 0.00037150 1
#> 4 301.5 0.00036625 0
#> 5 302.0 0.00036100 0
#> 6 302.5 0.00035600 0
#> 7 303.0 0.00035100 0
#> 8 303.5 0.00034600 1
#> 9 304.0 0.00034100 0
#> 10 304.5 0.00033650 1
#> 11 305.0 0.00033200 0
#> 12 305.5 0.00032750 0
#> 13 306.0 0.00032300 0
#> 14 306.5 0.00031850 0
#> 15 307.0 0.00031400 0
#> 16 307.5 0.00030950 0
#> 17 308.0 0.00030500 0
#> 18 308.5 0.00030075 0
#> 19 309.0 0.00029650 0
#> 20 309.5 0.00029225 0
#> 21 310.0 0.00028800 0
#> 22 310.5 0.00028400 0
#> 23 311.0 0.00028000 1
#> 24 311.5 0.00027600 0
#> 25 312.0 0.00027200 0
#> 26 312.5 0.00026825 0
#> 27 313.0 0.00026450 0
#> 28 313.5 0.00026075 0
#> 29 314.0 0.00025700 2
#> 30 314.5 0.00025325 1
#> 31 315.0 0.00024950 1
#> 32 315.5 0.00024575 1
#> 33 316.0 0.00024200 0
#> 34 316.5 0.00023850 0
#> 35 317.0 0.00023500 1
#> 36 317.5 0.00023150 1
#> 37 318.0 0.00022800 0
#> 38 318.5 0.00022475 0
#> 39 319.0 0.00022150 0
#> 40 319.5 0.00021825 0
#> 41 320.0 0.00021500 0
#> 42 320.5 0.00021200 0
#> 43 321.0 0.00020900 0
#> 44 321.5 0.00020600 1
#> 45 322.0 0.00020300 1
#> 46 322.5 0.00020000 1
#> 47 323.0 0.00019700 1
#> 48 323.5 0.00019400 1
#> 49 324.0 0.00019100 0
#> 50 324.5 0.00018825 0
#> 51 325.0 0.00018550 1
#> 52 325.5 0.00018275 0
#> 53 326.0 0.00018000 1
#> 54 326.5 0.00017750 1
#> 55 327.0 0.00017500 1
#> 56 327.5 0.00017250 0
#> 57 328.0 0.00017000 0
#> 58 328.5 0.00016750 0
#> 59 329.0 0.00016500 0
#> 60 329.5 0.00016250 0
#> 61 330.0 0.00016000 0
#> 62 330.5 0.00015775 0
#> 63 331.0 0.00015550 1
#> 64 331.5 0.00015325 0
#> 65 332.0 0.00015100 0
#> 66 332.5 0.00014875 0
#> 67 333.0 0.00014650 0
#> 68 333.5 0.00014425 0
#> 69 334.0 0.00014200 0
#> 70 334.5 0.00014000 0
#> 71 335.0 0.00013800 0
#> 72 335.5 0.00013600 0
#> 73 336.0 0.00013400 0
#> 74 336.5 0.00013225 0
#> 75 337.0 0.00013050 1
#> 76 337.5 0.00012875 0
#> 77 338.0 0.00012700 0
#> 78 338.5 0.00012500 0
#> 79 339.0 0.00012300 1
#> 80 339.5 0.00012100 0
#> 81 340.0 0.00011900 0
#> 82 340.5 0.00011750 0
#> 83 341.0 0.00011600 0
#> 84 341.5 0.00011450 0
#> 85 342.0 0.00011300 0
#> 86 342.5 0.00011150 1
#> 87 343.0 0.00011000 0
#> 88 343.5 0.00010850 0
#> 89 344.0 0.00010700 0
#> 90 344.5 0.00010550 0
#> 91 345.0 0.00010400 0
#> 92 345.5 0.00010250 0
#> 93 346.0 0.00010100 0
#> 94 346.5 0.00009975 0
#> 95 347.0 0.00009850 0
#> 96 347.5 0.00009725 0
#> 97 348.0 0.00009600 0
#> 98 348.5 0.00009475 1
#> 99 349.0 0.00009350 0
#> 100 349.5 0.00009225 0
#> 101 350.0 0.00009100 0
#> 102 350.5 0.00008975 0
#> 103 351.0 0.00008850 0
#> 104 351.5 0.00008725 0
#> 105 352.0 0.00008600 0
#> 106 352.5 0.00008500 0
#> 107 353.0 0.00008400 0
#> 108 353.5 0.00008300 0
#> 109 354.0 0.00008200 0
#> 110 354.5 0.00008100 0
#> 111 355.0 0.00008000 0
#> 112 355.5 0.00007900 0
#> 113 356.0 0.00007800 1
#> 114 356.5 0.00007725 0
#> 115 357.0 0.00007650 0
#> 116 357.5 0.00007575 1
#> 117 358.0 0.00007500 0
#> 118 358.5 0.00007400 0
#> 119 359.0 0.00007300 0
#> 120 359.5 0.00007200 0
#> 121 360.0 0.00007100 0
#> 122 360.5 0.00007050 0
#> 123 361.0 0.00007000 0
#> 124 361.5 0.00006950 0
#> 125 362.0 0.00006900 0
#> 126 362.5 0.00006825 0
#> 127 363.0 0.00006750 0
#> 128 363.5 0.00006675 1
#> 129 364.0 0.00006600 0
#> 130 364.5 0.00006550 0
#> 131 365.0 0.00006500 0
#> 132 365.5 0.00006450 0
#> 133 366.0 0.00006400 0
#> 134 366.5 0.00006350 0
#> 135 367.0 0.00006300 0
#> 136 367.5 0.00006250 0
#> 137 368.0 0.00006200 1
#> 138 368.5 0.00006150 0
#> 139 369.0 0.00006100 0
#> 140 369.5 0.00006050 0
#> 141 370.0 0.00006000 0
#> 142 370.5 0.00005950 0
#> 143 371.0 0.00005900 1
#> 144 371.5 0.00005850 0
#> 145 372.0 0.00005800 0
#> 146 372.5 0.00005775 0
#> 147 373.0 0.00005750 0
#> 148 373.5 0.00005725 0
#> 149 374.0 0.00005700 0
#> 150 374.5 0.00005675 0
#> 151 375.0 0.00005650 0
#> 152 375.5 0.00005625 0
#> 153 376.0 0.00005600 0
#> 154 376.5 0.00005575 0
#> 155 377.0 0.00005550 0
#> 156 377.5 0.00005525 0
#> 157 378.0 0.00005500 0
#> 158 378.5 0.00005475 0
#> 159 379.0 0.00005450 0
#> 160 379.5 0.00005425 0
#> 161 380.0 0.00005400 0
#> 162 380.5 0.00005400 0
#> 163 381.0 0.00005400 0
#> 164 381.5 0.00005400 0
#> 165 382.0 0.00005400 0
#> 166 382.5 0.00005375 0
#> 167 383.0 0.00005350 0
#> 168 383.5 0.00005325 0
#> 169 384.0 0.00005300 0
#> 170 384.5 0.00005300 0
#> 171 385.0 0.00005300 0
#> 172 385.5 0.00005300 0
#> 173 386.0 0.00005300 0
#> 174 386.5 0.00005300 0
#> 175 387.0 0.00005300 0
#> 176 387.5 0.00005300 0
#> 177 388.0 0.00005300 0
#> 178 388.5 0.00005325 0
#> 179 389.0 0.00005350 0
#> 180 389.5 0.00005375 0
#> 181 390.0 0.00005400 0
#> 182 390.5 0.00005400 0
#> 183 391.0 0.00005400 0
#> 184 391.5 0.00005400 0
#> 185 392.0 0.00005400 0
#> 186 392.5 0.00005400 0
#> 187 393.0 0.00005400 0
#> 188 393.5 0.00005400 0
#> 189 394.0 0.00005400 0
#> 190 394.5 0.00005425 0
#> 191 395.0 0.00005450 0
#> 192 395.5 0.00005475 0
#> 193 396.0 0.00005500 0
#> 194 396.5 0.00005525 0
#> 195 397.0 0.00005550 0
#> 196 397.5 0.00005575 0
#> 197 398.0 0.00005600 0
#> 198 398.5 0.00005650 0
#> 199 399.0 0.00005700 0
#> 200 399.5 0.00005750 0
#> 201 400.0 0.00005800 0
#> 202 400.5 0.00005825 0
#> 203 401.0 0.00005850 0
#> 204 401.5 0.00005875 0
#> 205 402.0 0.00005900 0
#> 206 402.5 0.00005950 0
#> 207 403.0 0.00006000 0
#> 208 403.5 0.00006050 0
#> 209 404.0 0.00006100 0
#> 210 404.5 0.00006150 0
#> 211 405.0 0.00006200 0
#> 212 405.5 0.00006250 0
#> 213 406.0 0.00006300 0
#> 214 406.5 0.00006350 0
#> 215 407.0 0.00006400 0
#> 216 407.5 0.00006450 0
#> 217 408.0 0.00006500 0
#> 218 408.5 0.00006550 0
#> 219 409.0 0.00006600 0
#> 220 409.5 0.00006650 0
#> 221 410.0 0.00006700 0
#> 222 410.5 0.00006750 0
#> 223 411.0 0.00006800 0
#> 224 411.5 0.00006850 0
#> 225 412.0 0.00006900 0
#> 226 412.5 0.00006975 0
#> 227 413.0 0.00007050 0
#> 228 413.5 0.00007125 0
#> 229 414.0 0.00007200 0
#> 230 414.5 0.00007250 0
#> 231 415.0 0.00007300 0
#> 232 415.5 0.00007350 0
#> 233 416.0 0.00007400 0
#> 234 416.5 0.00007450 0
#> 235 417.0 0.00007500 0
#> 236 417.5 0.00007550 0
#> 237 418.0 0.00007600 0
#> 238 418.5 0.00007675 0
#> 239 419.0 0.00007750 0
#> 240 419.5 0.00007825 0
#> 241 420.0 0.00007900 0
#> 242 420.5 0.00007975 0
#> 243 421.0 0.00008050 0
#> 244 421.5 0.00008125 0
#> 245 422.0 0.00008200 0
#> 246 422.5 0.00008250 0
#> 247 423.0 0.00008300 0
#> 248 423.5 0.00008350 0
#> 249 424.0 0.00008400 0
#> 250 424.5 0.00008475 0
#> 251 425.0 0.00008550 0
#> 252 425.5 0.00008625 0
#> 253 426.0 0.00008700 0
#> 254 426.5 0.00008750 0
#> 255 427.0 0.00008800 0
#> 256 427.5 0.00008850 0
#> 257 428.0 0.00008900 0
#> 258 428.5 0.00008975 0
#> 259 429.0 0.00009050 0
#> 260 429.5 0.00009125 0
#> 261 430.0 0.00009200 0
#> 262 430.5 0.00009250 0
#> 263 431.0 0.00009300 0
#> 264 431.5 0.00009350 0
#> 265 432.0 0.00009400 0
#> 266 432.5 0.00009475 0
#> 267 433.0 0.00009550 0
#> 268 433.5 0.00009625 0
#> 269 434.0 0.00009700 0
#> 270 434.5 0.00009750 0
#> 271 435.0 0.00009800 0
#> 272 435.5 0.00009850 0
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